Hofbaumeister Jakob Vivian erbaute die Kirche in den Jahren 1582/83 als Klosterkirche des Konvents der „Heiligen Maria, Königin der Engel“, welcher von Elisabeth, Tochter Maximilians II. und Witwe Kaiser Karls IX. von Frankreich, gegründet worden war. Sie war nach dem Tode ihres Mannes nach Wien zurückgekehrt. Man geht davon aus, dass die Gründung des Klosters mitunter als Erinnerung an die blutgetränkte „Bartholomäusnacht“, bei der rund 20'000 Hugenotten umgekommen waren, erfolgte. Kaiser Joseph II. liess das Kloster aufheben, worauf es an die Stadt Wien ging. Um 1783 Kaufte die evangelische Gemeinde Augsburgischen Bekenntnisses die Kirche und einen Teil der Klostergebäude. Diese Gemeinde konnte sich im Zuge des um 1781 erlassenen Toleranzediktes etablieren. Die Kirche wurde nach den Bedürfnissen der evangelischen Gemeinde um- und ausgebaut und am 30. November 1783 eingeweiht. Schwere Bombenschäden im zweiten Weltkrieg an der Fassade wurden um 1948 repariert und das Innere um 1958 restauriert.  In den Jahren 1991 und 1998 wurden weitere Renovierungen vorgenommen.

Das Kircheninnere hinter der klassizistischen Fassade ist typisch für evangelische Kirchen. Es ist hell und wird durch Emporen und Balustraden dominiert, welche den Raum auf allen Seiten umfassen. Das grosse Altarbild, welches Jesus am Kreuz zeigt, ist ein Werk von Franz Linder aus dem Jahre 1783 (Kopie nach van Dyck). Im hinteren Teil des Kirchenschiffes befinden sich die Grabplatten von Kaiser Matthias, dessen Frau Kaiserin Anna von Tirol und von Kaiser Ferdinand II. Sie alle waren vorübergehend in der Kirche beigesetzt worden. Weitere nennenswerte Bestandteile der Einrichtung sind die Gedenktafel für Kaspar Tauber (erster Blutzeuge, der evangelischen Gemeinde in Wien) und die Dankschrift für Kaiser Joseph II. bezügliche seines Toleranzediktes rechts im Altarraum.