Um 1742 liess der Besitzer der Spinnerei am Rennweg, Johann Michael Kienmayer, neben seiner Fabrik ein Gebäude zur Unterbringung von 20 Waisenkinder errichten, welche in seinem Betrieb arbeiten mussten. Drei Jahre später wurde das Waisenhaus vergrössert und von Dr. Ignaz Perhamer streng geführt. Unter Maria Theresia wurde die Anlage von Matthias Gerl zu ihrer vollen Grösse ausgebaut und um 1768 die bisherige Kapelle durch die heutige Waisenhauskirche Maria Geburt ersetzt.
Die Pläne für die neue Kirche lieferte Thaddäus Karner, und die Bauarbeiten führte Leopold Grossmann aus. Die Einweihung der Waisenhauskirche durch Kardinal Migazzi erfolgte in Gegenwart von Kaiserin Maria Theresia nach nur acht Monaten Bauzeit am 17. Dezember 1768 mit der Uraufführung der Messe KV 139 vom 12jährigen Wolfgang Amadeus Mozart, welcher die Messe eigens für diesen Anlass komponiert hatte und die auch unter der Bezeichnung „Waisenhausmesse“ bekannt ist.

Am 28. April 1783 wurde die Kirche zur Pfarrkirche erhoben. Um 1785 liess Kaiser Joseph II. das Waisenhaus aufheben, welches fortan als Kaserne benutzt wurde, und die ehemalige Waisenhauskirche diente als Garnisonskirche. Noch heute ist das nach wie vor unter dem Namen „Waisenhauskirche“ bekannte Gotteshaus am Rennweg Pfarrkirche der Pfarre Maria Geburt.
Die Kirche bildet das Zentrum des barocken Komplexes und beherrscht mit ihrer hohen Fassade die lang gezogene Seite am Rennweg. Die Fassade ist in zwei Teile gegliedert, von denen der untere von vier Riesenpilastern mit Volutenkapitellen dmoniniert wird. Der obere Teil schliesst mit einem Rundbogen ab. Über dem Chorraum ist ein kleiner Glockenturm angebracht. Das Kircheninnere ist ein barocker Raum mit klassizistischer Ausstattung. Weisse Wände mit goldfarbenem Stuck und Girlanden sowie reicher figuraler Schmuck machen das Erscheinungsbild aus. Das Hochaltarbild „Mariae Geburt“ ist das Werk von Franz Zoller, einem Schüler Paul Trogers. Franz Zoller ist besonders für seine Werke in der Lichtentaler Pfarrkirche bekannt.