Bereits um 1334 wird in Aspern eine Pfarre urkundlich erwähnt. Es existierten im östlichen Ortsteil in der Gegend der heutigen Lobaugasse eine kleine gotische Kirche und ein Pfarrhof, welche während der ersten Türkenbelagerung im Jahre 1529 stark beschädigt wurden. Dabei gingen sämtliche Gründungsurkunden und die Pfarrchronik in Flammen auf, was den Nachvollzug der Geschichte Asperns sehr schwierig macht. In den folgenden Jahrzehnten wurde die wieder aufgebaute Kirche durch Feuer und Umwelteinflüsse immer erneut beschädigt. Hinzu kam ein protestantisches Interregnum in Aspern, wodurch das katholische Gotteshaus zusätzlich noch vernachlässigt und dem Zerfall überlassen wurde. Nach der Rekatholisierung wurde die Kirche behelfsmässig instand gestellt, im Jahre 1670 jedoch von einem verheerenden Donauhochwasser zerstört. Dabei wurde der Glockenturm von den Fluten davongetragen. Eine neue Kirche wurde an einem geschützteren Ort erbaut und wie die alte dem hl. Martin geweiht.

Über ein Jahrhundert lang herrschte Ruhe in Aspern, welches sich zu einer wohlhabenden Gemeinde entwickelte. Damit war es am 21. Mai 1809 jedoch zu Ende, als Napoleon mit seinen Truppen in Aspern auf das gegnerische Heer Erzherzog Karls traf. Die legendäre Schlacht von Aspern legte das ganze Dorf in Schutt und Asche, und auch die Kirche wurde fast gänzlich zerstört. Mit dem Wiederaufbau wurde im Februar 1810 begonnen. Grosszügige Spenden aus privaten Kreisen ermöglichten die Anschaffung eines reichen Kircheninventars. Als die Kirche für die zunehmende Bevölkerung allmählich zu klein wurde, plante man einen modernen Zubau zur Vergösserung der Kirche. Im Juni 1998 begann man mit den Bauarbeiten, wobei die Westwand des Kirchenschiffes entfernt wurde. Es wurde ein abgerundeter Betontrakt zur Erweiterung des Kirchenraumes angebaut. Es ist ein nüchterner, optisch unscheinbarer Raum, welcher jedoch Ruhe ausstrahlt und dem Kirchenschiff ein angenehmes Licht verleiht.

Das Kircheninnere des alten Teils erscheint im schlichten, aber überaus schmucken Spätbarock. Das Ölgemälde des Hochaltares stammt vom Maler Ludwig Mayer und zeigt den hl. Martin beim Teilen seines Mantels. Die beiden auf den Voluten sitzenden Figuren zeigen die Heiligen Florian und Leopold. Das Marienbildnis über dem Tabernakel ist die Kopie eines Gemäldes von Lukas Cranach aus dem 15. Jrh. Das Gemälde des linken Seitenaltares zeigt Christi Geburt und dasjenige des rechten Christi Auferstehung. Beides sind Werke von Anton Schilcher. Die Annakapelle, welche rechts vor dem Presbyterium anschliesst, ist nach dem dort angebrachten Gemälde der Heiligen benannt. Auf dem Asperner Heldenplatz vor der Kirche befindet sich der so genannte „Asperner Löwe“, ein grosses Steindenkmal vom Bildhauer Anton Fernkorn aus dem Jahre 1858. Es erinnert an die legendäre Schlacht von Aspern, welche die erste Niederlage des bislang als unbesiegbarer Feldherr geltenden Napoleon besiegelte.