Im Jahre 1857 beantragte Kardinal Josef Othmar Rauscher bei Kaiser Franz Joseph die nötigen finanziellen Mittel für den Bau einer Kirche in der Favoriten, welche aufgrund der stetig wachsenden Bevölkerung der Wiener Vorstädte dringen vonnöten war. Es dauerte jedoch 15 Jahre, bis der Kaiser das Geld zur Verfügung stellte, und so wurde mit dem Bau der neuen Kirche nach Plänen des Architekten Josef Bergmann im Jahre 1872 begonnen. Am Vormittag des 9. Oktober 1876 wurde die fertig gestellte Kirche von Fürsterzbischof Dr. Rudolf Kutschker im Rahmen eines prächtigen Festaktes eingeweiht. Somit wurde Favoriten, welches kirchlich bislang zu St. Elisabeth auf der Wieden gehört hatte, zur selbständigen Pfarre. Nachdem um 1890 Favoriten mit 110'000 Katholiken die grösste Pfarre Wiens geworden war, wurde die Kirche St. Anton von Padua erbaut und die Pfarre 1891 aufgeteilt. Im Zweiten Weltkrieg erlitt die Kirche grosse Bombenschäden, welche in den Jahren darauf nach und nach behoben werden konnten. In den Jahren 1985 und 1986 wurde das Kircheninnere und 1999 die Türme renoviert.

Die Johanneskirche am sehr belebten Keplerplatz ist der italienischen Renaissance nachempfunden und entspricht einer dreischiffigen Pfeilerbasilika. Der Bau ist run 52 Meter lang und 23 Meter breit. Das Mittelschiff hat eine Höhe von 18 Meter, und die Doppeltürme messen 50 Meter. An der Fassade sind die Steinfiguren der Heiligen Petrus, Jakobus, Johannes und Elisabeth angebracht. Ursprünglich standen in der Kirche sieben Altäre, und das Mittelschiff und der Chorraum waren mit Fresken versehen. Das Bild des neubarocken Hochaltares ist das Werk von Karl Blaas und zeigt Johannes auf Patmos, wie er die Offenbahrung empfängt. Auffallend ist der reiche figurale Schmuck an Wänden, Pfeilern und Kanzel. Die Fenster sind unbemalt und lassen viel Licht ins Kircheninnere eintreten.