Hinter der heutigen Votivkirche an der Schwarzspanierstrasse stand einst die Klosterkirche der Benediktiner von Montserrat (Schwarzspanier), welche während der Türkenbelagerung um 1683 zerstört wurde. Um 1690 erfolgte die Grundsteinlegung zu einer neuen Klosterkirche mit einer mächtigen Hauptfassade, welche fast 50 Jahre später, am 6. September 1739, durch Erzbischof Sigismund Graf von Kollonitsch eingesegnet wurde. Der schwäbische Künstler Johann Baptist Straub schuf einen grossen Teil der barocken Ausstattung wie Kanzel, Kirchenbänke, Orgelbekrönung, Ornamente und figuraler Schmuck. Der Glockenturm war erst im Jahre 1749 vollendet, musste aber um 1755 nach einem schweren Blitzschlag wieder demoliert werden.
Um 1780 verliess der Schwarzspanierkonvent das Kloster und siedelte in den heutigen 1. Bezirk um, worauf die Kirche dem Militär-Ärar zur Verfügung gestellt wurde. Zwischen 1780 und 1787 wurde die Innenausstattung der Kirche nach und nach abgetragen und auf andere Kirchen verteilt. Ein prachtvolles Gemälde von Antonio Belucci wurde in die Jesuitenkirche von Linz gebracht, und die Deckenfresken des berühmten Malers Antonio Pellegrini wurden einfach übermalt. Im Jahre 1787 liess Kaiser Joseph II. die Schwarzspanierkirche gänzlich aufheben und profanieren, worauf sie als Militärbettenmagazin verwendet wurde.

Um 1861 wurde die ehemalige Schwarzspanierkirche als evangelische Kirche wiedereröffnet und neu ausgestattet mit Orgel, Kanzel und Kirchengestühl. Die evangelischen Soldaten der Wiener Garnison hielten hier ihre Messen, was der Kirche die Bezeichnung „Garnisonskirche“ brachte. Um 1918 wurde die Kirche geschlossen, und die Stiftskirche an der Mariahilferstrasse übernahm wieder die Funktion der Garnisonskirche, denn diese hatte sie zuvor bereits bis ins Jahr 1799 inne.
Im Jahre 1930 wurde die Schwarzspanierkirche wieder geöffnet und diente bis 1938 für das Abhalten orthodoxer Gottesdienste. Nach dem Anschluss Österreichs ans Nazi-Deutschland wurde die Kirche als Wehrmachtskirche der Protestanten verwendet. Um 1939 erfolgte eine Restaurierung, im Zuge derer man Pellegrinis Gemälde wieder entdeckte und freilegte. Von der Erzdiözese Wien erhielt die Kirche ein wertvolles Gemälde des Nürnberger Malers Joachim von Sandrart gestiftet. Doch rund ein Jahr nach ihrer Wiedereröffnung am 23. Mai 1943 wurde die Kirche von Kriegsbomben schwer getroffen und danach nicht wieder aufgebaut. Um 1963 wurde die Ruine abgetragen, die mehr oder weniger unbeschädigte Hauptfassade jedoch stehen gelassen. Sie ist heute Teil eines evangelischen Studentenheimes, welches 1966 eröffnet wurde.