Um 1783 wurde Hetzendorf eine eigenständige Pfarre nach der Ablösung von Atzgersdorf. Als Pfarrkirche wurde fortan die Schlosskirche im Schloss Hetzendorf benutzt, welche sich aber gegen Ende des 19. Jh. nach dem stetigen Bevölkerungswachstum als zu klein erwies. Man entschied sich für einen Neubau, welcher nach Plänen der beiden Architekten Eugen Ritter von Felgel und Hubert Gangl in den Jahren 1908/09 realisiert wurde. Der Bildhauer Franz Zelezny wurde mit der Ausstattung beauftragt, welche reich und ornamentvoll ausfiel.

Während eines Bombenangriffes am 17. Oktober 1944 suchten zahlreiche Bewohner Hetzendorfs Zuflucht in der Kirche. Ein schwerer Bombentreffer hatte 16 Tote und schwere Schäden am Gotteshaus zur Folge. Nach dem Ende des Krieges erfolgte eine behelfsmässige Wiederinstandsetzung der Kirche und eine Debatte, ob das Innere originalgetreu rekonstruiert werden soll.

Die Mehrheit der Bevölkerung setzte sich für die Wiederherstellung ein, doch nach einem langen und heftigen Streit konnten sich 1954 die Befürworter einer schlichten puritanischen Innenausstattung durchsetzen. Das Resultat ist nüchtern und kalt: Der Innenraum in der Form einer romanischen Hallenbasilika und auch die Apsis weisen keinerlei Schmuck auf. Kahle weisse Wände und Gewölbe bestimmen das Innere. Um 1960 wurden im Altarraum drei grosse Pergamentgemälde des bedeutenden österreichischen Malers Ernst Fuchs aufgehängt. 1979 wurden sie von einem Irren schwer beschädigt und nach Jahrelanger Restaurationsarbeit wieder aufgehängt.

So unspektakulär das Kircheninnere ist, so beeindruckend ist die äussere Erscheinung der freistehenden Pfarrkirche. Es handelt sich um einen neuromanischen Bau mit einem obligaten Vierungsturm, einem seitlich angebauten Glockenturm und zwei Polygonaltürmchen über der Portalfassade, eine Art Reminiszenz an die Heidentürme des Stephansdomes. Der Baustil orientiert sich an den grossen romanischen Kathedralen entlang des Rheins.