Am 15. September 1217 wurde in Inzerdorf eine Pfarre gegründet. Somit gehört sie zu einer der ältesten in der heutigen Erzdiözese Wien. Damals hat laut Urkunde die Schlosskapelle des Ritters von Inzersdorf als Pfarrkirche gedient. Das Patrozinium des hl. Nikolaus ist möglicherweise vorbeiziehenden Kreuzfahern zu verdanken, welche die Verehrung des Heiligen hierher brachten.
Die erste Türkenbelagerung von 1529 brachte Tod und Zerstörung nach Inzersdorf. Wegen mangelnder Betreuung der in Wien wohnenden Priester und aufgrund der lutheranischen Angehörigkeit des damaligen Gutsbesitzers wurde Inzersdorf zu einem Zentrum des Protestantismus. Erst rund 100 Jahre später zog der Katholizismus wieder ein. Während der zweiten Türkenbelagerung von 1683 wurde Inzersdorf erneut völlig verwüstet.  Erst um 1744 war die bisherige gotische Kirche wieder instand gestellt und ihrer Funktion übergeben. Eine schwere Feuersbrunst zerstörte am 8. Juni 1817 das Gotteshaus vollständig, worauf die Ruine abgetragen wurde.

Um 1818 wurde der Bau einer neuen Pfarrkirche in Angriff genommen. Als Bauherr wird der Gutsbesitzer Herzog von Corigliano genannt. In Gedanken treu seiner ursprünglichen Heimat liess er die neue Kirche im Stil des norditalienischen Klassizismus gestalten. Die eindeutigen Merkmale dafür sind der Rundbau mit Apsis, Portikus mit Dreiecksgiebel sowie der Campanile. Um 1820 war die Kirche vollendet. Der Gutsbesitzer Alios Miesbach liess die Kirche um 1846 durch einen Zubau vergrössern. Heinrich Ritter Drasche von Wartinberg, eine Neffe Meisbachs, liess im Jahre 1860 die Kapelle an der Ostseite der Kirche anbauen. Sie diente als Grabkapelle für seinen Onkel und die Angehörigen des Hauses derer von Drasche. Im Zweiten Weltkrieg wurde die Inzersdorfer Nikolauskirche stark beschädigt, zehn Jahre danach jedoch vollständig wieder instand gesetzt. Eine weitere umfassende Renovierung wurde in den Jahren 1980/81 vorgenommen.