Im Mai 1867 zogen die Schwestern vom guten Hirten aus Wiener Neudorf nach Margareten und richteten ihren Konvent in der ehemaligen Silberfabrik ein. Nachdem die alte Klosterkapelle zu klein geworden war, legte man im April 1875 den Grundstein zu einer neuen Klosterkirche. Am 26. Oktober wurde die neue Herz Jesu Kirche von Bischof Angerer eingeweiht. Um 1908 wurde die Klosteranlage an die Gemeinde Wien verkauft, welche um 1928 an dieser Stelle eine Wohnanlage erbaute, wobei die Kirche erhalten und in den Gebäudekomplex integriert wurde. In den Jahren 1947 bis 1949 wurde die Kirche vergrössert und durch die Sakristei erweitert. Seit 1983 ist die Herz Jesu Kirche in Margareten das Pastoralzentrum der slowenischen Kirchgemeinde und ist gleichzeitig Filialkirche der Pfarre der Auferstehung Christi.

Die Herz Jesu Kirche steht mit Ihrer Hauptfassade an der Einsiedlergasse. Ihre Doppeltürme lehnen an der Architektur des Speyrer Doms an. Die Kirche ist ein neoromanischer Backsteinbau mit einem Rundbogenportal, über dem eine Fensterrose den Mittelpunkt der Fassade bezeichnet. Das einschiffige Kircheninnere ist klein und beschaulich. In der Apsis befindet sich ein beeindruckendes Riesenfresko des bedeutenden Malers Josef Kastner, und über dem Tabernakel steht eine hölzerne Kreuzigungsgruppe von Franz Schütz aus dem Jahre 1946.