Gemäss einer urkundlichen Erwähnung besass das Schottenstift bereits um 1100 ein Landgut im heutigen Breitenlee. Der Besitz weitete sich aus, doch nachdem die Siedlung um 1458 durch die Ungaren und um 1529 durch die Türken zweimal vollständig zerstört worden war, liess es das Schottenstift brach liegen. Erst nach Ende der zweiten Türkenbelagerung um 1683 hauchte das Schottenstift der Siedlung wieder Leben ein. Ab 1696 liess der Abt des Schottenstifts, Sebastian Faber, in Breitenlee einen Gutshof, ein Gasthaus und eine Kirche erbauen. Die Kirche wurde in kleinerer Form der Schottenkirche an der Freyung nachempfunden. Um 1699 war das Bauwerk vollendet und wurde unter dem Patrozinium der hl. Anna vom Wiener Neustädter Bischof Franz Anton Graf von Puchheim feierlich eingeweiht. Somit erfuhr die Ortschaft Breitenlee eine Reinkarnation. Doch aufgrund kircheninterner Streitereien gehörte Breitenlee 84 Jahre lang der Pfarre Gerasdorf an. Erst im Zuge der Josephinischen Reformen wurde die Kirche um 1783 zur Pfarrkirche erhoben.

Die Annakirche von Breitenlee ist nördlich des Donaustroms die einzige Kirche Wiens mit Doppeltürmen. Sie weist äusserlich einfache barocke Formen auf. Auch im Inneren trifft man auf zurückhaltende Schlichtheit. Der Hochaltar ist aus Holz angefertigt und trägt ein Grosses Gemälde der hl. Anna. Interessant ist der Volksaltar, welcher mit den Figuren der vier Evangelisten geschmückt ist, die zuvor an der Kanzel angebracht waren. Zum ältesten Inventar aus der Erbauungszeit gehören die Kanzel und das Gitter aus Schmiedeeisen an der Orgelbrüstung. Die vier Glocken in den Türmen stammen ebenfalls aus jener Zeit. Um 1807 wurde neben der Kirche ein kleiner Friedhof angelegt, auf welchem die Geistlichen des Schottenstiftes ihre letzte Ruhe fanden.