Um 1686, nach der zweiten Türkenbelagerung, stiftete ein gewisser Dr. Johann Franckh seinen Grundstücksbesitz an der heutigen Alserstrasse für den Bau eines Soldatenkrankenhauses. Da vorerst die finanziellen Mittel fehlten, konnte erst im Jahre 1693 mit der Errichtung begonnen werden, als Kaiser Leopold I. das "Grossarmen- und Invalidenhaus" stiftete.1697 wurde der erste Trakt mit Kranken belegt. Der Mittelrisalit des langgezogenen Traktes an der Alserstrasse wird Johann Bernhard Fischer von Erlach zugeschrieben. Um 1724 waren im neuen Spital bereits 1740 Personen einquartiert. Ferdinand Freiherr von Thavonat ermöglichte nach seinem Tod 1726 testamentarisch den Bau des zweiten Hofes. Die folgenden baulichen Erweiterungen unter Kaiser Karl VI. erfolgten nach Plänen der Architekten Matthias Gerl und Franz Anton Pilgram.

Nachdem Kaiser Joseph II. im Jahre 1783 festgestellt hat, dass das Spital immer weniger wirklich Kranke, sondern vermehrt sonstige Menschen beherbergte, die auf anderem Weg hierher gekommen waren, liess er die Anlage aufheben. Er beauftragte seinen Leibarzt Joseph Quarin mit der Konzeption eines allgemeinen Krankenhauses. Im August 1784 konnte dieses eröffnet werden. Bald kamen zum Komplex ein Irren- und ein Gebärhaus hinzu sowie ein Findelhaus. Der so genannte "Narrenturm" zur Unterbringung von schwer Geisteskranken ist heute das pathologisch-anatomische Museum der Stadt Wien.
Der achte und neunte Hof entstand unter der Regierung von Kaiser Franz II. Im 19. Jh. galt das AKH als eines der wichtigsten Zentren für medizinische Forschung überhaupt, und mehrere bahnbrechende Erkenntnisse wurden hier gemacht. Durch den Bau des neuen AKH, heute das zweitgrösste Krankenhaus der Welt, wurde das alte AKH als solches nicht mehr benötigt. Zum 600-jährigen Bestehen der Wiener Universität schenkte die Stadt Wien dieser das alte AKH. Ab 1993 wurden die Adaptierungsarbeiten vorgenommen. Seither befindet sich in den alten riesigen Trakten der Universitätscampus, Gastronomiebetriebe und mehrere Kleinunternehmen. Die Grünanlagen in den weiten Höfen werden nicht nur von Studenten benutzt, sondern auch von der Bevölkerung, die hier flaniert und das gastronomische Angebot nutzt.