Als in den 70er Jahren die Wiener U-Bahn gebaut wurde und man die Grube für die Station am Stephansplatz aushob, wurde in 12m Tiefe eine unterirdische Kapelle („capella subterranea“) freigelegt, ein frühgotischer Sakralbau, der vor rund 250 Jahren zugeschüttet worden war. Die geschichtlichen Hintergründe der Kapelle liegen grösstenteils im Dunklen. Der Bautyp verweist auf das frühe 13. Jrh., als Friedrich der Streitbare, letzter Herzog des Hauses deren von Babenberg, in Wien regierte. Historiker halten unter anderem die Möglichkeit für denkbar, dass der Herzog diese Kapelle erbauen liess, um sie dem heiligen Coloman zu weihen, welcher der Schutzpatron der Diözese hätte sein sollen, die als Vorstand des Bistums gedacht war, welches Wien aber offenbar nie geworden ist, da keine Chronik etwas davon erwähnt. Man weiss aber, dass im Jahre 1307 eine Kapelle existiert hat, welche der Bürgerfamilie Chrannest gehörte und möglicherweise als Familiengruft dienen sollte.

In der Kapelle sollen mehrere Altäre gestanden haben, wovon einer dem Heiligen Virgil geweiht war. Die byzantinischen Radkreuze, welche an die Wand gemalt wurden, sind heute noch gut erkennbar. Der Grundriss der Kapelle misst rund 6x10m und umfasst sechs Nischen. Im Mittelalter lag um den Stephansdom ein grosser Friedhof, dessen Totenkapelle der Maria Magdalena geweiht war. Diese lag genau über der Virgilkapelle, von der ein Schacht zur Magdalenenkapelle hochführte. Nachdem man 1732 den Friedhof abgetragen hatte und bei einem Brand die Magdalenenkapelle zerstört worden war, schüttete man die Virgilkapelle zu, worauf diese gänzlich in Vergessenheit geriet bis zu ihrer Wiederentdeckung im Jahre 1973.
Heute findet man auf dem Stephansplatz ein Mosaik, welches den Grundriss der Virgilkapelle darstellt. In der U-Bahnstation kann der Passant durch ein grosses Fenster einen Blick in die beleuchtete Kapelle werfen. Im Vorraum der Kapelle steht dem Besucher eine Ausstellung von alter Wiener Keramik offen.