Im Jahre 1211 liess ein wohlhabender Grundbesitzer namens Dietrich in der Nähe des Spittelberges eine Kapelle errichten, welche St. Ulrich geweiht war. Damals hiess die Siedlung Zeismannsbrunn, und die Kapelle stand in deren Mitte. Um 1302 wurde St. Ulrich dem Schottenstift angegliedert, was rund 150 Jahre später von Papst Nikolaus V. mit dem Prädikat „auf ewig“ bestätigt wurde.
Um 1473 erlitt St. Ulrich einen tragischen Schicksalsschlag, als ein schwerer Sturm die Kapelle zum Einsturz brachte, wobei der Pfarrer, ein Kaplan und 30 Kirchgänger starben. Das Gotteshaus wurde danach wieder instand gestellt, 1529 jedoch erneut weitgehend zerstört durch die erste Türkenbelagerung Wiens. Um 1589 wurde St. Ulrich zur eigenständigen Pfarre ernannt und dadurch von St. Michael losgelöst, zu der sie bis dahin gehört hatte. Auch die zweite Türkenbelagerung verursachte Schäden an dem Bauwerk. Einer Legende nach soll der türkische Befehlshaber Kara Mustafa auf dem Turm von St. Ulrich gestanden und Ausschau in Richtung Wiener Innenstadt gehalten haben. Im Jahre 1699 erhielt die Pfarre ein Bildnis, welches nach dem Motiv der Gnadenstatue von Maria Trost in der Nähe von Graz angefertigt worden war. Nach diesem Bildnis schuf man wiederum eine hölzerne Statue, welche heute auf dem Hochaltar mit dem barocken Gemälde von Paul Troger steht.

14 Jahre später errichtete man vor der Kirche, auf der Chorseite an der Burggasse, eine Pestsäule, welche derjenigen am Graben ähnlich sieht, jedoch in kleinerem Format. Um 1721 wurde mit dem Bau der heutigen Kirche begonnen. Laut alten Illustrationen hatte die Kirche in anfangs einen kleineren Turm mit Helmdach. Die Doppeltürme wurden erst später hinzugefügt. Element der Treppe zum Hauptportal sind die vier Steinfiguren, welche die Heiligen Ulrich, Benedikt, Aloisius und Johann Nepomuk darstellen. Am 12. April 1801 wurde in der Pfarrkirche St. Ulrich Joseph Lanner getauft.
 

Die Ulrichskirche um 1724