In den Jahren von 1386-1403 erbauten die Karmeliter anstelle der bisherigen romanischen Hofkapelle eine gotische Hallenkirche mit drei Schiffen. Um 1553 wurde die Kirche den Jesuiten übergeben. Rund 220 Jahre später wurde der Orden der Jesuiten aufgehoben, worauf die Kirche am Hof zur Garnisonskirche wurde.
Die Kirche am Hof ist den Neun Chören der Engel geweiht. Die geht auf das Bildnis zurück, welches sich auf dem Karmeliteraltar (‚Albrechtsaltar‘) befindet. Es zeigt Maria und die neun Chöre der Engel, wobei die Gottesmutter von einem Engel den Erzherzogenhut entgegennimmt. Wertvolle Tafeln des Altars werden heute im Stift Klosterneuburg verwahrt. 1782 erteilte Papst Pius VI. von der Fassadenaltane aus den Ostersegen.

24 Jahre später wurde genau diese Stelle Ort eines tragenden Ereignisses in der Weltgeschichte: Am 6. August 1806 verkündete ein Herold des Kaiserhauses das Ende des Heiligen Römischen Reiches, welches über 500 Jahre von den Habsburgern beherrscht worden war. 
Heute ist die Kirche am Hof Sitz der grossen kroatisch-katholischen Gemeinde Wiens. Architektonisch gesehen ist die Kirche am Hof ausserordentlich interessant. Kaum ein sakrales Bauwerk in und um Wien vereint so deutlich unterschiedliche Baustile, was einmal mehr deutlich werden lässt, dass sich mancher Kirchenbau in Wien über Jahrhunderte hinwegzog, respektive er ständig veränderte wurde. Das Haupthaus hat, was für eine gotische Kirche typisch ist: Hohe Spitzbogenfenster, Strebewerk und ein spitzbogenförmiges Rippengewölbe. Um 1610 wurde der Kirche ein prachtvolles barockes Kleid verabreicht. Vom Boden bis unter das gotische Rippengewölbe beherrscht Prunk und Stuck das Kircheninnere.

Was auf den ersten Blick wie eine Faust aufs Auge wirkt, übt beim zweiten Blick einen ganz besonderen Reiz auf den Architekturinteressierten aus. Im Jahre 1662 errichtete Carlo Carlone die monumentale weisse Fassade im Stil des Frühbarock, welche sich in die Häuserreihe einfügt und einen palastähnlichen Eindruck erweckt. Links vom Hauptportal befindet sich ein Durchgang, der zu den engen Pflastersteingässchen hinter die Kirche führt und dem Besucher den Stilbruch vom Barock zur Gotik oder vice versa gleich nochmal deutlich macht.