Bereits während der Herrschaft von Kaiser Matthias von 1612-1619 liess dieser in den weitläufigen Donauauen ein kleines Jagdhaus bauen. Später liess Ferdinand III. in den Jahren 1654-57 ebenda eine kleine Gartenanlage errichten. Sechs Jahre später erstand Kaiser Leopold I. die angrenzenden Trautsonschen Gärten dazu und liess an deren Stelle einen barocken Lustpark entstehen, in dem er nach dem Vorbild des Trautsonschen Gartenpalais ein kleines Schloss bauen liess. Er nannte es „Kaiserliche Favorita“. 1683 zerstörten die Türken die gesamte Anlage, wobei nur die Grundmauern der Gebäulichkeiten stehen blieben. Erst Kaiser Joseph I. liess um 1705 die Anlage mitsamt Schloss wiederherstellen.

Man wandelte einen Teil der Favorita ein einen Gartensaal um, in welchem Morgenkonzerte veranstaltet wurden, welche eine zeitlang von Mozart persönlich dirigiert wurden.  Nach 1820 war der Gartensaal Austragungsort der traditionellen 1.Mai-Konzerte, an denen überwiegend Musik von Johann Strauss Sen. gespielt wurde. Im ehemaligen Gartensaal mit der barocken Fassade ist heute die berühmte Porzellanmanufaktur Augarten untergebracht. Hier wird bis zum heutigen Tage hochwertiges, teures Qualitätsporzellan produziert.

1712 beauftragte Kaiser Karl VI. den renommierten Gartenbauarchitekten Jean Trehet, welcher bereits die Gärten von Schönbrunn und Belvedère gestaltet hatte, den Augarten im französischen Stil neu zu gestalten. Es entstand eine grosse barocke Anlage mit einem Parterregarten und zahlreichen Baumalleen, welche ihren Ausgangspunkt an einem Sternplatz haben, ganz nach dem Vorbild von Versailles und anderen französischen Lustgärten.  Der Augarten hat bis zum heutigen Tage sein Gesicht weitgehend behalten, wenn auch mit Unterbrüchen: In der Nacht vom 28. Februar auf den 1. März 1830 wurde der Augarten von einem katastrophalen Hochwasser überflutet. Das Wasser stand 1.75 hoch.

Und der Zweite Weltkrieg setzte dem Park besonders arg zu. Berge von Schutt wurden im Augarten deponiert. 16 Geleise wurden verlegt zum Bau der beiden Flaktürme, die auch heute noch das Bild des Augartens beherrschen. Man errichtete ganze Barackensiedlungen zwischen den edlen Gehölzern, und gegen Ende des Krieges, in der Aprilschlacht, preschten tonnenschwere Panzer durch den Augarten, und hunderte von Kriegsopfern wurden hier in Massengräbern verscharrt. Heute ist nichts mehr davon zu sehen; einzig die beiden mächtigen, düsteren Flaktürme stehen bedrohlich da als stilles Mahnmal der schrecklichen Ereignisse von damals.  Sie sind dermassen klotzig und grob, dass sie genau dadurch einen wunderschönen Kontrast zur bunten Blumenpracht der Gartenanlage darstellen. Dennoch kann der Augarten den anderen Parkanlagen in der Stadt niemals das Wasser reichen. Er wirkt vergleichsweise ungepflegt und teils verwuchert. Aber ein gemütlicher Spaziergang lohnt sich zweifelsohne. Im so genannten Augarten-Palais (Palais Leeb), ein prachtvolles Haus abseits der öffentlich zugänglichen Teile des Parks, sind die weltberühmten Wiener Sängerknaben zu Hause.