Im Spätsommer 1386 nahmen die Eidgenossen das Dorf Weesen am Walensee ein, welches unter der Herrschaft der Habsburger stand. Gleichzeitig lehnten sich auch die Glarner gegen die Habsburger auf, da diese im Glanerland noch Rechte besassen. Die Glarner verwüsteten die Burg Windegg bei Schänis und verabschiedeten am 11. März 1387 ihr erstes Landgesetz, was gleichsam die Loslösung von den Habsburgern bedeutete. Die Reaktion der erbosten Habsburger war die Besetzung von Weesen. Im Februar 1388 drangen sie nachts ins Dorf ein, überraschten die schlafenden Eidgenossen und ermordeten sie (Mordnacht von Weesen).
Die Habsburger formten im Weesen ein Heer von 600 Reitern und rund 6000 Fusssoldaten und zogen am 9. April 1388 in Richtung Glarus mit Graf Donat von Toggenburg und Ritter Peter von Thorberg an der Spitze. Eine zweite Kolonne kam unter der Führung von Graf Hans von Werdenberg-Sargans vom Kerenzerberg her ins Tal. Die Schutzmauer am Talausgang wurde lediglich von 300 Glarnern bewacht, welche die Angreifer nicht abwehren konnten. Die Habsburger drangen ins Tal ein, überfielen die Dörfer Näfels, Netstal, Mollis und Glarus und hinterliessen Tod und Verwüstung. Schleunigst eilte Verstärkung aus den Kantonen Schwyz, Uri und Unterwalden an, um den Glarnern zu helfen. Man versammelte sich im Schutze des Schneegestöbers beim abgebrannten Dorf Näfels am Rautiberg.
Die Habsburger erblickten die im Vergleich zu ihnen kleine Streitmacht und griffen sofort an, doch dann liessen die Eidgenossen vom Berg her Geröll und Felsbrocken auf die Habsburger niederrollen, was sofort Verwirrung und Schrecken unter den Angreifern bewirkte. Die Pferde scheuten und warfen ihre Reiter ab. Ohne zu zögern griffen die Schweizer an und trieben die Habsburger in die Flucht, wobei zahlreiche Soldaten in den Sümpfen bei Weesen umkamen und wegen eines Brückeneinsturzes in der Maag ertranken. Die Kolonne, welche vom Kerenzerberg heranrückte, sah das Desaster und kehrte bei Beglingen in der heutigen Gemeinde Mollis unverrichteter Dinge um. Die Schweizer hatten rund 54 Tote zu beklagen, die Habsburger hingegen einige hundert. In der Folge schloss man Frieden, und die Habsburger verzichteten auf ihre Rechte in Uri, Schwyz, Unterwalden, Luzern, Zürich, Zug, Bern und Glarus. Somit war die Schlacht bei Näfels die letzte zwischen den Habsburgern und den Schweizern.
Bis heute ist jeweils der erste Donnerstag im April in Glarus ein kantonaler Feiertag, und bei der so genannten „Näfelser Fahrt“ ziehen viele Glarner zu Fuss nach Näfels und gedenken feierlich der Schlacht. Die heutige Pfarrkirche St. Hilarius von Näfels steht dort, wo sich bereits vor deren Bau im 18. Jahrhundert eine Schlachtkapelle befand.