Johann wurde im Jahre 1290 als Sohn Herzog Rudolfs II. und Agnes von Böhmen Johann wurde im Jahre 1290 als Sohn Herzog Rudolfs II. und Agnes von Böhmen geboren. Da der Vater kurz vor Johanns Geburt starb, lebte dieser vermutlich mit seiner Mutter im Aargau, worauf eine Schenkungsurkunde aus Brugg von 1294 hinweist. Ab 1306 verlangte Johann von seinem Onkel König Albrecht I. die Herausgabe der väterlichen Erbschaft. Ebenfalls hätte Johann Anspruch gehabt auf die Kyburgischen Besitztümer Lenzburg und Baden mutterseits, welche jedoch ebenfalls von Albrecht I. als sein Vormund verwaltet wurden.
Albrecht aber kam Johanns Begehren nicht nach, was dazu führte, dass letzterer als „Herzog ohne Land“ zum Gespött der Bevölkerung wurde. In der Folge verschwor er sich gegen Albrecht zusammen mit den schwäbischen Rittern Rudolf von Balm, Walter von Eschenbach, Rudolf von Wart und Konrad von Tegerfeld, welche ihm halfen, ein Mordattentat auf den König zu planen. Am Abend des 30. April 1308 hielt sich Johann in Winterthur bei einem Gastmahl auf, welches Albrecht gab. Albrecht liess jedem der Gäste eine Blumenkranz überreichen, doch Johann schmiss diesen seinem Onkel ins Gesicht und meinte, dass ihm wohl anderes zustünde als ein läppischer Blumenkranz. Erbost beendete Albrecht das Fest vorzeitig.
Der Mord geschah am Folgetag, am 1. Mai 1308, in Windisch als Albrecht zu Pferde auf dem Heimweg zu seiner Frau war. Beim heutigen Königsfelden lauerten ihm Johann und seine Helfer auf, und als Albrecht vorbeikam, ritt Johann auf ihn zu und spaltete ihm mit einem Hieb den Schädel. Gleich nach der Tat ergriffen die Mörder die Flucht, und Johann war fortan verschollen.
Der neue König, Heinrich von Luxemburg, ächtete Johann und konfiszierte sein Vermögen. Elisabeth von Görz-Tirol, die Witwe Albrechts, und Agnes von Böhmen sollen darauf Rache an den Angehörigen verübt haben. Von den Mördern wurde einzig Rudolf vom Balm ergriffen und zur Strafe gerädert. Dessen Frau soll beim Sterbenden verharrt haben und nach seinem Ableben in den Freitod gegangen sein. Die beiden Königswitwen sollen der Legende nach im Bodenseeraum aus Zorn Raubzüge und Verwüstung veranlasst haben. Agnes stiftete das Kloster Königsfelden in Windisch an der Stelle, wo Albrecht ermordet wurde. Das Geld dafür soll von den Raubzügen stammen.
Was mit Johann geschehen ist, weiss man heute nicht. Möglich ist, dass er nach Italien floh und dort in Pisa als Mönch den Rest seines Lebens verbrachte. Als Todesjahr wird 1312 oder 1313 angegeben. Eine Legende erzählt hingegen, dass man am Neuen Markt in Wien öfter einen blinden Bettler gesehen habe, der sich als Sohn Johanns ausgab. Man vermutete, dass es sich um Johann selbst handelte. Der Zuname „Parricida“ bedeutet soviel wie „Verwandtenmörder“